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教师简介

周宇
来源:9297威尼斯 时间:2016-12-26 11:06:42 阅读量:
         职称职务:教授
学科专业:生物信息与功能基因组学
研究方向:生物信息与RNA生物学
实验室位置:9297威尼斯6109、6106、6101室
联系电话:027-68756749
Email: yu.zhou@whu.edu.cn

 

学习经历
1999-09-2003-06 9297威尼斯至尊信誉 本科 生物学基地班
2003-09-2004-09 9297威尼斯至尊信誉 硕士 生化与分子生物学
2004-10-2005-07 法国巴黎十一大学 硕士 生物信息与生物统计学
2005-09-2008-12 9297威尼斯至尊信誉 博士 生化与分子生物学
2005-09-2008-12 法国巴黎十一大学 博士 计算机 (与9297威尼斯至尊信誉联合培养


主要工作经历及任职情况
2009-07-2015-05  美国加州大学圣地亚哥分校 博士后
2015-05-至今    9297威尼斯 教授
2015-08-至今    9297威尼斯至尊信誉高等研究院 兼职研究员


主要研究领域及兴趣
  近年来发展起来的不同高通量测序技术(如ChIP-seq、RNA-seq和GRO-seq等),带来了不同层次的定量生物学信息,扩大和加深了研究者对于细胞内基因调控的理解,包括对RNA结合蛋白在基因转录和可变剪接中作用的认识。随着测序成本持续下降,高通量测序技术将常规地用于基础和转化医学研究,这将产生海量的生物学数据,同时也带来了挑战。本实验室已经建立“Wet-and-Dry混合”的平台,专注于生物信息学及RNA系统生物学的研究。主要的工作包含:1)开发高通量测序数据分析和可视化工具,促进大数据转换成生物学发现;2)RNA核滞留的功能元件及分子机制;3)RNA结合蛋白对非编码RNA结构与功能的调控;4)miRNA的生成加工与细胞核亚结构的关系;5)RNA转录终止调控机制及其异常在相关疾病中的作用。同时与其他国内外实验室合作,从生物信息学角度解决多种生物学问题。

教学
2016年秋季-至今  本科生  基因组学
2016年秋季-至今  研究生  功能基因组学
2017年春季-至今  研究生  计算生物学


代表性论文(#共同第一作者,*通讯作者):
1. Dehe Wang#, Weiliang Fan#, Xiaolong Guo#, Kai Wu, Siyu Zhou, Zonggui Chen, Danyang Li, Kun Wang*, Yuxian Zhu*, and Yu Zhou*. MaGenDB: a functional genomics hub for Malvaceae plants. Nucleic Acids Research, 2019, gkz953.


2. Kun Wang#, Dehe Wang#, Xiaomin Zheng, Ai Qin, Jie Zhou, Boyu Guo, Yanjun Chen, Xingpeng Wen, Wen Ye, Yu Zhou*, and Yuxian Zhu*. Multi-strategic RNA-seq analysis reveals a high-resolution transcriptional landscape in cotton. Nature Communications, 2019, 10:4714.


3. Jianshu Wang#, Jiyun Chen#, Guifen Wu#, Hongling Zhang#, Xian Du#, Suli Chen, Li Zhang, Ke Wang, Jing Fan, Shuaixin Gao, Xudong Wu, Shouxiang Zhang, Bin Kuai, Peng Zhao, Binkai Chi, Lantian Wang, Guohui Li, Catherine C.L. Wong, Yu Zhou*, Jinsong Li*, Caihong Yun*, and Hong Cheng*. NRDE2 negatively regulates exosome functions by inhibiting MTR4 recruitment and exosome interaction. Genes & Development, 2019, 33:1-14.


4. Kai Zhang#, Xiaorong Zhang#, Zhiqiang Cai#, Jie Zhou#, Ran Cao, Ya Zhao, Zonggui Chen, Dehe Wang, Wen Ruan, Qian Zhao, Guangqiao Liu, Yuanchao Xue, Yan Qin, Bing Zhou, Ligang Wu, Timothy Nilsen, Yu Zhou*, and Xiang-Dong Fu*. A novel class of microRNA-recognition elements that function only within open reading frames. Nature Structural & Molecular Biology, 2018, 25(11):1019-1027.


5. Jiaqi Gu#, Ming Wang#, Yang Yang#, Ding Qiu, Yiqun Zhang, Jinbiao Ma*, Yu Zhou*, Gregory J. Hannon*, and Yang Yu*. GoldCLIP: Gel-omitted Ligation-dependent CLIP. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2018, 16(2):136-143.

6. Li Jiang#, Changwei Shao#, Qi-Jia Wu#, Geng Chen, Jie Zhou, Bo Yang, Hairi Li, Lan-Tao Gou, Yi Zhang, Yangming Wang, Gene W Yeo, Yu Zhou*, and Xiang-Dong Fu*. NEAT1 scaffolds RNA-binding proteins and the Microprocessor to globally enhance pri-miRNA processing. Nature Structural & Molecular Biology, 2017, 24:816-824.

7. Huiwu Ouyang, Kai Zhang, Kristi Fox-Walsh, Yang Yang, Chen Zhang, Jie Huang, Hairi Li, Yu Zhou*, and Xiang-Dong Fu*. The RNA binding protein EWS is broadly involved in the regulation of pri-miRNA processing in mammalian cells. Nucleic Acids Research, 2017, 45(21):12481-12495.

8. Chaoliang Wei#, Rui Xiao#, Liang Chen#, Hanwei Cui#, Yu Zhou#, Yuanchao Xue, Jing Hu, Bing Zhou, Taiki Tsutsui, Jinsong Qiu, Hairi Li, Liling Tang, and Xiang-Dong Fu*. RBFox2 Binds Nascent RNA to Globally Regulate Polycomb Complex 2 Targeting in Mammalian Genomes. Molecular Cell, 2016, 62(6):875-889.

9. Lanfeng Wang#, Yu Zhou#, Liang Xu#, Rui Xiao#, Xingyu Lu, Liang Chen, Jenny Chong, Hairi Li, Chuan He, Xiang-Dong Fu* & Dong Wang*. Molecular Basis for 5-Carboxycytosine Recognition by RNA Polymerase II Elongation Complex. Nature (2015) 523, 621–625.

10. Yu Zhou, Hai-Ri Li, Jie Huang, Ge Jin, and Xiang-Dong Fu*. Multiplex analysis of polyA-linked sequences (MAPS): an RNA-seq strategy to profile poly(A+) RNA. Methods Mol Biol (2014) 1125:169-178.

11. Shatakshi Pandit#, Yu Zhou#, Lily Shiue#, Gabriela Coutinho-Mansfield, Hairi Li, Jinsong Qiu, Jie Huang, Gene W. Yeo, Manuel Ares, Jr.* and Xiang-Dong Fu*. Genome-wide analysis reveals SR protein cooperation and competition in regulated splicing. Molecular Cell (2013) 50(2), 223-235.

12. Yu Zhou#, Yann Ponty#, Stephane Vialette, Jerome Waldispuhl, Yi Zhang, and Alain Denise*. Flexible RNA design under structure and sequence constraints using formal languages. In ACM BCB - ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics. Bethesda, Washigton DC, United States, (2013).

13. Yuanchao Xue#, Yu Zhou#, Tongbin Wu, Tuo Zhu, Xiong Ji, Young-Soo Kwon, Chao Zhang, Gene Yeo, Douglas L. Black, Hui Sun, Xiang-Dong Fu*, and Yi Zhang*. Genome-wide analysis of PTB-RNA interactions reveals a strategy used by the general splicing repressor to modulate exon inclusion or skipping. Molecular Cell (2009) 36(6), 996-1006.

14. Yu Zhou#, Chen Lu#, Qi-Jia Wu#, Yu Wang, Zhi-Tao Sun, Jia-Cong Deng, and Yi Zhang*. GISSD: Group I Intron Sequence and Structure Database. Nucleic Acids Research (2008) 36, D31-D37.

招生招聘:
  本实验室主要利用高通量测序技术和生物信息学等手段,研究RNA相关的基因表达调控及参与疾病发生的分子机制。热忱欢迎对生物信息学及RNA生物学有兴趣的学生加入。每年拟接收1-2名本科生,2名硕士生,1-2名博士生和1名博士后。

             

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